Elektrický pulz, vzniklý ve fotonásobičích na základě detekovaného světelného záblesku ve scintilačním krystalu, musí být nejdříve zesílen, než je použit ke zpracování v pulzně výškových analyzátorech a koincidenčních obvodech. I přes násobení uvnitř fotonásobičů je tok elektronů stále malý na to, aby se s ním dalo pracovat. Typicky je zesílení dvoukrokový proces. V prvním kroku je použit malý předzesilovač, umístěný poblíž fotonásobiče, který zesílí elektrický pulz tak, aby mohl být přenesen pomocí kabelu do hlavního zesilovače. Zde je náboj elektrického pulzu zvyšován až na tisícinásobek původní hodnoty. Takovýto signál již může vstoupit do pulzně výškového analyzátoru.

Nyní musí systémová elektronika rozhodnout, které signály pocházejí od párovaných 511 keV gama fotonů. Toho je dosaženo primárně měřením výšky každého signálu přicházejícího ze zesilovačů a k tomuto účelu slouží právě pulzně výškové analyzátory. Graf ukazující počet pulzů proti jejich výšce (amplitudě), neboli jejich energii, je nazván pulzně výškové spektrum. Pulzně výškový analyzátor je nejčastěji používán na „selekci“ pouze pulzů zvaných Z-pulzy. Z-pulzy jsou pulzy, které mají akceptovatelnou energii, v případě PET energii v okolí 511 keV. Rozmezí akceptovatelných energií Z-pulzů je nazváno energetickým okénkem. Při nastavení 20 % tolerance energetického okénka pro detekci 511 keV gama fotonů budou registrovány všechny impulzy v rozmezí energií 409 až 613 keV. Tvar pulzně výškového spektra je závislý na energii fotonů a charakteristikách detekčního krystalu. 

Doprovodná prezentace: